Pierwsza seria

W pierwszej serii rozwój fabuły jest bardzo słaby – każdy odcinek (prócz 2 ostatnich) jest zbudowany na podstawie tego samego schematu: bohaterowie odkrywają atak Xany, przenoszą się do Lyoko, by go powstrzymać i uruchamiają powrót do przeszłości, by ukryć skutki ataku. Równocześnie Jeremie próbuje stworzyć program materializacyjny: w odcinku Okrutny dylemat tworzy wersję do jednorazowego użytku, która została "zużyta" przez Yumi; w odcinku O włos materializuje włos Aelity; w odcinku Kod: Ziemia ostatecznie kończy prace nad aplikacją i przenosi Aelitę na Ziemię, sądząc, że pozwoli to na wyłączenie superkomputera. Okazuje się jednak, że Xana zaszczepił Aelicie wirusa, który nie pozwala na to.

Druga seria

W drugiej serii Aelita otrzymuje ziemską tożsamość – jako Aelita Stones, kanadyjska kuzynka Odda, zamieszkuje w internacie i trafia do jednej klasy z Jeremiem. Zaczyna miewać dziwne wizje, związane z położoną w głębi lasu Pustelnią oraz Franzem Hopperem, osobą w jakiś sposób związaną z Lyoko.

Jednocześnie Jeremie stara się zwiększyć szanse grupy w walce z Xaną: projektuje pojazdy, umożliwiające szybkie poruszanie się po Lyoko, oraz program wykrywający aktywne wieże. W odcinku Nowe terytorium odkrywa nowy, piąty sektor Lyoko o nazwie Kartagina. Znajdują się tam nie tylko dane niezbędne dla usunięcia wirusa Xany, ale też nowe potwory – pełzacze i scyfozoa (starająca się odebrać Aelicie wspomnienia). W odcinku Pan Pück grupa znajduje pamiętnik Franza Hoppera, który wyjaśnia kulisy stworzenia Lyoko i odkrywa prawdziwą tożsamość Aelity. W ostatnim odcinku Xana uniezależnia się od superkomputera i zyskuje możliwość poruszania się po internecie. Aelita, poprzez odzyskanie ostatniego wspomnienia, staje się w pełni człowiekiem.

Zmienia się schemat historii opowiadanych w serialu – od odcinka Wspaniały dzień bohaterowie używają powrotu do przeszłości tylko w wyjątkowych sytuacjach, ponieważ każde jego zastosowanie wzmacnia Xanę. Pojawia się też nowy bohater – William Dunbar, rówieśnik Yumi i konkurent Ulricha do serca dziewczyny.

Trzecia seria

Seria trzecia rozpoczyna się odkryciem przez grupę serca Lyoko, od którego istnienia zależy los całego wirtualnego świata. Xana początkowo usiłuje je zniszczyć, a gdy ta strategia nie przynosi rezultatów, kilkakrotnie przejmuje kontrolę nad Aelitą i za jej pośrednictwem niszczy poszczególne sektory Lyoko. Stworzenie przez Jeremiego programu materializującego członków grupy bezpośrednio na terenie Kartaginy rozwiązuje ten problem. Okazuje się także, że Aelita zyskała nową broń – pole energii. Mimo to walka z Xaną staje się coraz trudniejsza. W odcinku Ostatnia runda członkowie grupy decydują się przyjąć pomoc Williama. Chłopak, ignorując rady członków grupy i chcąc się wykazać, zostaje opętany przez Xanę, który wykorzystuje Williama do zniszczenia sektora piątego i przerwania procesu sprowadzania na Ziemię Franza Hoppera (zainicjowanego przez Aelitę na początku odcinka). Nie wszystko jest jednak stracone – na komputer Jeremiego przychodzi wiadomość od Franza Hoppera.

Czwarta seria

Seria czwarta rozpoczyna się od odkrycia przez Jeremiego i Aelitę sposobu na odbudowę Lyoko oraz nowej strategii Xany, który za pośrednictwem Williama stara się wrzucić Aelitę do cyfrowego morza. W odcinku Dubler chłopak projektuje nowe wyposażenie dla członków grupy (w tym skrzydła dla Aelity) i tworzy klona Williama, by rozwiązać kwestię nieobecności opętanego przez Xanę chłopaka. W odcinku Skidbladnir zostaje stworzona łódź podwodna, umożliwiająca podróże po cyfrowym morzu. Dzięki statkowi odkryte zostają nowe gatunki potworów (piranie, rekiny, kalmary, kolos) oraz repliki-kopie poszczególnych sektorów Lyoko. Głównym zadaniem grupy staje się odkrywanie kolejnych replik i niszczenie odpowiedzialnych za ich istnienie superkomputerów (umożliwia to stworzony przez Jeremiego mechanizm teleportacji członków grupy). W odcinku Zimny Pot Xana dzięki zsumowanej mocy wszystkich replik tworzy nowego, potężnego potwora – kolosa, który w kolejnym epizodzie niszczy Skidbladnira. Jeremiemu udaje się sprowadzić prawdziwego Williama na Ziemię. W przedostatnim odcinku serii Xana zostaje pokonany, ale za cenę życia Franza Hoppera. W ostatnim odcinku Jeremie za zgodą grupy wyłącza superkomputer i wychodzą z fabryki.

Broń

Miecz laserowy - Stosowany przez Ulricha, jest zdecydowanie najbardziej uniwersalną bronią. Może zostać użyta jako zapora ogniowa, broń sieczna, a nawet w ostateczności jako atak rozpaczy na dystans.
Standardowo ma kolor błękitny, w razie przechwycenia przez wrogie jednostki zmienia barwę na czerwień.

Wachlarz - Stosowany przez Yumi. Broń wyłącznie stosowana na dystans, jednocześnie najmniej skuteczna.
Wygląda efektownie, jednak szanse centralnego trafienia graniczą z cudem.
Dobrze spisuje się w defensywie.

Laserowe strzały - Stosowane przez Odda . Najlepsza broń na dystans, charakteryzuje się celnością i niezawodnością. Niestety słaba w zwarciu.

Pole energii - Stosowana przez Aelitę. Jest wyjątkowa, mianowicie jedno uderzenie z tej broni kończy się wizytą na złomowisku. Broń wyłącznie na dystans.

Moce

Supersprint - umożliwia szybkie bieganie m.in. po ścianach. Do tego biegnąc równie dobrze można walczyć, więc moc jak najbardziej pożyteczna. 

Tryplikacja - powoduje powstanie dwóch klonów Ulricha. Jednakże mają one tylko 1 punkt życia. 

Triangulacja - Ulrich po sklonowaniu potrafi biec razem z klonami wokół potwora i potwór nie wie, w kogo ma trafić. 

Telekineza - jeśli nasza bohaterka się na chwilę skupi, może przenosić przedmioty lub osoby. W "Garage Kids" używała tej umiejętności nawet na ziemi, ale potem to zmieniono.

Wizje przyszłości: - W 1 serii Odd może zobaczyć przyszłość. Drogę końcową labiryntu, wszystko. Przewidział, że Yumi w odcinku #6 Okrutny dylemat wpadnie do Cyfrowego Morza. Jednakże Jeremy wycofał mu tą moc, bo uznał, ze jest bezużyteczna, czego dowiadujemy się w odcinku "Potrójny kłopot".

Teleportacja - W odcinku "Potrójny kłopot" Odd wyżala się, że nie ma żadnej supermocy. Jeremy programuje mu teleportację, dzięki której Odd potrafi się teleportować. Odd używa jej tylko w jednym odcinku, ponieważ w programie był feler.

Tarcza - na kilka sekund osłania Odda od głowy do kolan nie przepuszczając żadnego ataku. Odd używa jej już w odcinkach pilotażowych, potem dopiero w II serii i kolejnych

Tworzenie/niszczenie cząstek wirtualnej materii - polega na tworzeniu różnych form terenu, co pomaga w walce z X.A.N.A.'ą, głównie w obronie. Dzięki tej mocy może również tworzyć klony do mylenia potworów. Jednakże takie manewry bardzo ją męczą

Motor

Motor nietypowo ma jedno koło, jest używany przeważnie przez Ulricha. Jest szybki lecz, trudno nad nim zapanować jeżeli oberwie od jakiegoś strzału. Może też służyć do "taranowania" potworów. Zazwyczaj jeździ po powierzchni. Może się też wzbić się w "powietrze".

Hulajnoga

Jest zarazem najwolniejszym, ale też najbezpieczniejszym pojazdem w Lyoko. Jest używana przez Yumi. Jest to łatwy punkt do trafienia. Bardzo łatwo sie nią steruje

Deska

Deska ma kolor fioletowy, jest ona używana przez Odd'a. Jest to najszybszy z pojazdów. Jak na Odd'a przystało lubi na niej robić kilka extremalnych tricków. Mimo jej szybkości, strasznie trudno nad nią zapanować.

Jest trudna do trafienia i łatwo dzięki niej można uciec wrogom.

Transport Aelity

Od 4 serii Aelita ma własny środek transportu, a mianowicie skrzydła. Jednak używa ich tylko w krytycznych sytuacjach

Oczywiście też wszystkimi wyżej opisanymi pojazdami posługuje się też Aelita. Czasami jest tylko osobą towarzyszącą. Ale też zdaża sie że musi sama prowadzić pojazd. Najczęściej posługiwała się Hulajnogą, ze względu na jej bezpieczeństwo i łatwość w sterowaniu

.

Wirtualizacja

Wirtualizacja” to program wykorzystujący skanery (przypominające kabiny zdjęciowe) do przeniesienia czegoś do wirtualnego świata „Lyoko”. Pierwszy raz Jeremy wykorzystuje tą możliwość Super-Komputera w odcinku pilotażowym „X.A.N.A. się budzi część pierwsza”. Wówczas próbuje zwirtualizować psa Odda - Kiwiego. Jednak Odd w ostatniej chwili wchodzi do skanera, a Kiwi ucieka.

Materializacja

Jest to proces odwrotny do wirtualizacji. Polega na zmaterializowaniu czegoś w realnym świecie za pomocą skanera. Ulega się materializacji, jeśli wszystkie cząstki człowieka są spójne w wirtualnym świecie, a on straci wszystkie punkty życia. Wyjątkiem okazała się sytuacja w odcinku #62 „Bezcielesność”: w wyniku błędnego programu do wirtualizacji w piątym sektorze, dusza Ulricha po paru godzinach wróciła do świata realnego, jednak ciało pozostało w Lyoko, w strukturze wirtualnej. Również Aelity nie dało się normalnie zmaterializować. Przyczyną były oddzielone od niej wspomnienia. Dopiero gdy je odzyskała, mogła już wracać na Ziemię po straceniu wszystkich punktów życia.
Materializacja działa (podobnie jak wirtualizacja) w dwie strony – również X.A.N.A. może zmaterializować swoje potwory, a nawet samego siebie (będąc w ciele Williama, zrobił to w odcinku #81 „Brak dobrej woli/A Lack of Goodwill/Oeil pour oeil”).

Lyoko

Lyoko - wirtualny świat we francuskim serialu animowanym Kod Lyoko. Znajduje się w pamięci superkomputera w opuszczonej fabryce Renault. Jest to wirtualny świat podzielony na pięć sektorów:

1. Las (sektor leśny)
2. Pustynia (sektor pustynny)
3. Góry (sektor górski)
4. Lodowiec (sektor polarny)
5. Kartagina (sektor piąty)

Oddzielone są od siebie cyfrowym morzem.

W Lyoko znajduje się 41 wież – po 10 w każdym z głównych sektorów i jedna w Kartaginie. Wykorzystywane są jako węzły przetwarzania danych, przejście do świata rzeczywistego oraz bezpieczna kryjówka. Aktywując je Xana może atakować Ziemię.

W trzeciej serii wirus zaczyna usuwać kolejne sektory, ponieważ nie potrzebuje już więcej superkomputera, a pozostawienie go w rękach Jeremiego stanowi zagrożenie. Po wielu próbach Xanie ostatecznie udaje się zniszczyć wszystkie sektory, przez co superkomputer staje się bezużyteczny.

Sektor Górski

Jest to raj dla górali . Wiecznie jest mgliste , pełne jest kamieni, kamyków , głazów .. gdzie nie gdzie mozna napotkać drzewka .Drzewka z wyglądu przypominają nam Bon Zai . Z prawdziwymi górami  nie ma nic podobnego .

Sektor Leśny

Przypomina amazoński las deszczowy. Przede wszystkim w tym sektorze drzewa, które rosną w powietrzu,oraz wielki pień w którym można się schować przed potworami .Podłoże jest  zielone  ( platformy ) .

Sektor Pustynny

Ten Sektor w każdym calu przypomina rzeczywistą pustynię , no podłoże nie jest sypkie lecz twarde . Gdzie się nie spojrzy – sterta kamieni.Można powiedzieć ,że odrobinę przypomina sektor górski (podłoże i sterty kamieni ).

Sektor Polarny

Jest to zimne, niebieskie, zamarznięte. Oto cały opis sektora polarnego. Pełno w nim tuneli, ramp i dziwacznie powykrzywianych skał, na których dzieciaczki wesoło się bawią (zazwyczaj z tragicznym skutkiem).

Sektor Piąty ( Kartagina )

Sektor V (Kartagina) – jedyne miejsce w Lyoko, które odróżnia się od innych, więcej niż kolorem. Przypomina wielką piłkę golfową otoczoną żelatyną z plików. W środku przypomina labirynt, złożony z tetrisopodobnych klocków. W nim znajduje się serce Lyoko – bez niego owy świat by nie istniał. Oczywiście nasza, jakże mądra paczka, zniszczyła je jednym kiwnięciem palca, ale Jeremy poskładał je do kupy.     http://www.youtube.com/watch?v=01HKOElOx9g&feature=related.

Sektor Wulkaniczny

Jest to replika znajdująca się w cyfrowym morzu, jednak nie przypominająca żadnej z pozostałych stworzonych przez Xanę. Cały sektor zanurzony jest w lawie, a jego powierzchnię zajmują skały i wulkany. Posiada więcej wież niż jakikolwiek sektor, przy czym większość z nich jest umieszczona przy głównym wulkanie - miejsca, gdzie żyje Xana.

Sektor wulkaniczny zawiera inne potwory, jednak większość z nich jest ulepszeniem już istniejących. Przykładem jest Wulkanoid, który jest większą i silniejszą wersją karalucha.

Ciekawostki i fakty:

• Sektor wulkaniczny pojawił się tylko w grze z serii Kod Lyoko - Code Lyoko: Quest for Infinity.
• Sektor był pokazany również w oficjalnym magazynie Code Lyoko wydanym we Francji.
• Według fanów sektor wulkaniczny miał pojawić się w czwartej serii serialu. Możliwe, że został zniszczony przez program wieloczynnikowy.
• Odnosząc się do punktu powyżej, według fanów William tak naprawdę był kontrolowany przez więżę w sektorze wulkanicznym.
• Fani twierdzą, że Kolos może wywodzić się z sektora wulkanicznego, bazując na jego wyglądzie.

Próżnia

Próżnia to przestrzeń położona między dwoma światami: Ziemią i Lyoko. Wydostać się stąd można tylko jeśli w lyoko do czterech wież przejścia zostanie wpisany "KOD LYOKO".

Cyfrowe morze

Cyfrowe morze składa się z losowych danych krążących w sieci, wygląda i porusza się jak woda (stąd nazwa). Znajduje się w każdym sektorze, oprócz Kartaginy. Upadek do cyfrowego morza powoduje wirtualizację na zawsze, redukując osobę do danych, które losowo przemieszczają się w sieci. Jeremie potrafi je jednak namierzyć i użyć specjalnego programu do ich odzyskania, jednak nie jest to zadanie łatwe. Yumi jako pierwsza wpadła do cyfrowego morza (odcinek Okrutny dylemat), ale została uratowana dzięki programowi materializacji (do którego stworzenia nieświadomie przyczynił się - w tym samym odcinku - Odd).

Skidbladmir

"Skidbladnir" (skrót: "Skid" nadany przez Odda ) - wirtualny statek napisany przez Jeremy’ego i Aelitę w celu przemierzania internetowych otchłani nie narażając się na bezpowrotne zanurzenie w Cyfrowym Morzu. Początkowo miał nazywać się Melanie na cześć eks-dziewczyny Odda, co oczywiście została skorygowane pod koniec odcinka „Skidbladnir”. Sama nazwa została nadana przez Aelitę, która to znalazła w Pustelni książkę

Destrukcja Skidbladnira

Skidbladnir był celem X.A.N.A.'y od chwili powstania owego statku. Przez prawie całą czwartą serię, X.A.N.A.'ie nigdy nie udało się zniszczyć Skida. Jednak stworzył Kolosa (kliknij, by dowiedzieć się o nim więcej), który (mimo walki z bohaterami) dostał się dosyć blisko Skida, by przyczynić się do jego destrukcji.

Funkcje Navskidów:

Superdoładowanie- daje Navskidom bardzo dużą prędkość.
- Torpedowy atak- uaktywnia działa w Navskidach.
- Celownik torped - ekran celowania we wrogów.
- Złączenie - z powrotem łączy Navskidy z rdzeniem Skidbladnira

Platforma dokująca

Maszyna znajduję się dokach w V sektorze, do których prowadzi specjalna winda na platformę, która z kolei transportuje Aelitę na miejsce pilota, a reszta ekipy zostaje ulokowana w Navskidach. Navskid jest to jednostka obronna samego Skida, wyglądem może przypominać małe myśliwce, uzbrojone w pociski zwalczające zagrożenie w cyfrowym morzu. Niestety jego główną wadą jest skromny zapas mocy, po krótkiej batalii musi wrócić do statku matki.

Skidbladnir w hangarze

Funkcje Skidbladnira:
- Rotacja - pozwala zmienić kierunek Skida z pionowego do poziomego, aby szybciej się przemieszczać, czy wejść do Repliki.
- Silniki hamujące - sprawia, że Skid trwale się zatrzymuje.
- Turbodopalanie - zwiększa szybkość Skida, aby uciec od potworów bądź opuścić Lyoko czy Replikę.
- Klucz - funkcja używana przez Aelitę, aby uzyskać dostęp do systemu Replik.
- Katapulta Navskidów - wypuszcza Navskidy.
- Światła - włącza światła na skrzydłach i nad kokpitem.
- Pole siłowe - brama, która ochrania Skid przed zranieniami. Ma ograniczoną moc, ale może być wspomagana przez energię z superkomputera.

Repliki.

•Replika jest "wyspą" znajdującą się w Sieci, wyglądając z zewnątrz podobnie jak Lyoko. X.A.N.A stworzył je na podstawie danych od Franza Hoppera i Aelity. Do Replik wejście od strony Sieci jest zablokowane. Należy rozszyfrować klucz aktywujący otwarcie wejścia. Aelita i Jeremy uzyskują dostęp do Replik dzięki programowi rozszyfrowującemu kody dostępu do Replik.