Czwarta seria

Seria czwarta rozpoczyna się od odkrycia przez Jeremiego i Aelitę sposobu na odbudowę Lyoko oraz nowej strategii Xany, który za pośrednictwem Williama stara się wrzucić Aelitę do cyfrowego morza. W odcinku Dubler chłopak projektuje nowe wyposażenie dla członków grupy (w tym skrzydła dla Aelity) i tworzy klona Williama, by rozwiązać kwestię nieobecności opętanego przez Xanę chłopaka. W odcinku Skidbladnir zostaje stworzona łódź podwodna, umożliwiająca podróże po cyfrowym morzu. Dzięki statkowi odkryte zostają nowe gatunki potworów (piranie, rekiny, kalmary, kolos) oraz repliki-kopie poszczególnych sektorów Lyoko. Głównym zadaniem grupy staje się odkrywanie kolejnych replik i niszczenie odpowiedzialnych za ich istnienie superkomputerów (umożliwia to stworzony przez Jeremiego mechanizm teleportacji członków grupy). W odcinku Zimny Pot Xana dzięki zsumowanej mocy wszystkich replik tworzy nowego, potężnego potwora – kolosa, który w kolejnym epizodzie niszczy Skidbladnira. Jeremiemu udaje się sprowadzić prawdziwego Williama na Ziemię. W przedostatnim odcinku serii Xana zostaje pokonany, ale za cenę życia Franza Hoppera. W ostatnim odcinku Jeremie za zgodą grupy wyłącza superkomputer i wychodzą z fabryki.