Trzecia seria

Seria trzecia rozpoczyna się odkryciem przez grupę serca Lyoko, od którego istnienia zależy los całego wirtualnego świata. Xana początkowo usiłuje je zniszczyć, a gdy ta strategia nie przynosi rezultatów, kilkakrotnie przejmuje kontrolę nad Aelitą i za jej pośrednictwem niszczy poszczególne sektory Lyoko. Stworzenie przez Jeremiego programu materializującego członków grupy bezpośrednio na terenie Kartaginy rozwiązuje ten problem. Okazuje się także, że Aelita zyskała nową broń – pole energii. Mimo to walka z Xaną staje się coraz trudniejsza. W odcinku Ostatnia runda członkowie grupy decydują się przyjąć pomoc Williama. Chłopak, ignorując rady członków grupy i chcąc się wykazać, zostaje opętany przez Xanę, który wykorzystuje Williama do zniszczenia sektora piątego i przerwania procesu sprowadzania na Ziemię Franza Hoppera (zainicjowanego przez Aelitę na początku odcinka). Nie wszystko jest jednak stracone – na komputer Jeremiego przychodzi wiadomość od Franza Hoppera.